Biologia e evolução viral:
We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks
Nathan D. Grubaugh, Mary E. Petrone & Edward C. Holmes
Nature Microbiology volume 5, pages 529–530(2020)
https://www.nature.com/articles/s41564-020-0690-4
Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution
James Hadfield, Colin Megill, Sidney M Bell, John Huddleston, Barney Potter, Charlton Callender, Pavel Sagulenko, Trevor Bedford, Richard A Neher
Bioinformatics, Volume 34, Issue 23, 01 December 2018, Pages 4121–4123,
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty407
Bioinformática
Genome Detective Coronavirus Typing Tool for rapid identification and characterization of novel coronavirus genomes.
Cleemput S, Dumon W, Fonseca V, Karim WA, Giovanetti M, Alcantara LC, Deforche K, de Oliveira T.
Bioinformatics, 2020
http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa145
https://www.genomedetective.com
The ARTIC network
https://artic.network/ncov-2019
Sugestões de leitura - Arthur Gruber - atualizado em 26/03/2020
Alisson, E. Agência Fapesp. Cientistas brasileiros estão desenvolvendo vacina contra novo coronavírus. https://bit.ly/2WAlkBb. Publicado online em 15/03/2020. Matéria sobre o desenvolvimento de uma plataforma tecnológica pelo grupo do Prof. Jorge Kalil, a qual usa partículas semelhantes a vírus para a inserção de antígenos e sua apresentação para o sistema imune. Discute ainda a seleção de fragmentos da proteína S (spike) do SARS-Cov-2 para gerar anticorpos que possam bloquear a entrada do vírus nas células.
Bernardes, J. Estudo genético mostra por que vírus da covid-19 não foi feito em laboratório. Jornal da USP. Publicado em 18/03/2019. http://jornal.usp.br/?p=308206. Matéria que discute as principais descobertas do artigo de Andersen e cols. (2020) com base em uma entrevista com o Prof. Daniel Lahr (IB-USP).
Hassanin, A. Coronavirus origins: genome analysis suggests two viruses may have combined. The Conversation. https://bit.ly/2UdtIF0. Publicado online em 18/03/2020. Matéria que apresenta e discute algumas evidências que sugerem que o SARS-Cov-2 causador da pandemia de COVID-2 teria sido fruto da combinação de dois vírus, derivados originalmente de morcegos e pangolins, ambas as espécies sendo comuns em mercados de rua da China.
Hoffmann M et al. SARS-CoV-2 cell entry depends on ACE2 and TMPRSS2 and is blocked by a clinically proven protease inhibitor. Cell 2020 Mar 5; [e-pub]. (https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052). O artigo mostra que o mecanismo de entrada do SARS-Cov-2 depende da adesão da proteína da espícula do vírus (proteína S) a receptores celulares ACE2 e de uma serina protease TMPRSS2 para iniciar a proteína S. Mostra ainda que um inibidor da TMPRSS2 bloqueia a entrada do vírus e que anticorpos de pacientes convalescentes de SARS neutralizam parcialmente a entrada do SARS-Cov-2.
Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., … Cao, B. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5. Publicado em 15/02/2020. O artigo relata o levantamento epidemiológico, clínico e laboratorial de 41 pacientes positivos para o SARS-Cov-2, que deram entrada com quadro de pneumonia em um hospital em Wuhan, China.
Kalil, J. Vacina contra coronavírus em desenvolvimento na USP é diferente da americana. Jornal da USP. Publicado em 18/03/2019. http://jornal.usp.br/?p=308104. A matéria apresenta trechos da entrevista do Prof. Jorge Kalil na qual ele explica os princípios envolvidos no desenvolvimento de uma vacina contra o coronavírus.
Li X, Zai J, Zhao Q, Nie Q, Li Y, Foley BT, Chaillon A. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross-species analyses of SARS-CoV-2. J Med Virol. 2020 Feb 27. doi: 10.1002/jmv.25731. Artigo que estudou as relações filogenéticas do SARS-Cov-2 e a datação do ancestral comum mais recente.
Liu P, Chen W, Chen JP. Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus of Malayan Pangolins (Manis javanica). Viruses. 2019 Oct 24;11(11). pii: E979. doi: 10.3390/v11110979. PubMed PMID: 31652964. Artigo que descreve o encontro de coronavírus em amostras metagenômicas de pangolins.
Maclean et al. Response to “On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. http://virological.org/t/response-to-on-the-origin-and-continuing-evolution-of-sars-cov-2/418. Discussão entre pesquisadores sobre a validade da existência de duas linhagens do SARS-Cov-2.
Rambaut, A. (2020). Phylogenetic analysis of nCoV-2019 genomes. Virological.org http://virological.org/t/356.
Tang, X., Changcheng Wu, Xiang Li, Yuhe Song, Xinmin Yao, Xinkai Wu, Yuange Duan, Hong Zhang, Yirong Wang, Zhaohui Qian, Jie Cui, Jian Lu, On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2, National Science Review, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036. Artigo que propõe a existência de duas linhagens de SARS-Cov-2.
ViralZone (https://viralzone.expasy.org/30). Uma base de dados com diversas informações sobre vírus, incluindo ilustrações de estruturas de partículas e genomas virais.
Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, Hu Y, Tao ZW, Tian JH, Pei YY, Yuan ML, Zhang YL, Dai FH, Liu Y, Wang QM, Zheng JJ, Xu L, Holmes EC, Zhang YZ. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3. Epub 2020 Feb 3. PubMed PMID: 32015508. O artigo que descreve o coronavírus, então denominado 2019-nCoV (atualmente designado SARS-Cov-2), e o relato de um caso da doença conhecida atualmente como COVID-19.
Xiao, K., Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, ... Lihua Xiao. (2020). Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv. doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.17.951335. O artigo descreve a reanálise de dados metagenômicos de pangolins publicados por Liu e cols. (2019) e a observação de que a região RGD da proteína S do pangolin-Cov é praticamente idêntica à do SARS-Cov-2.